保健管理センターは、本学の学生および教職員の健康保持増進に寄与すべく開設された、教育研究支援施設です。
昭和44年10月、開設に向けて学内に保健管理専門委員会が設置され、昭和49年4月の国立学校設置法施行規則一部改正にともない、同年10月、長良キャンパスに学長直下組織として本センターは開設しました。同時に、学生相談室も本センター内に設置されましたが、当時は専門スタッフが少なく、各学部の教員が学生相談を引き受ける体制でした。また、キャンパスも長良・那加・司地区の3ヵ所に分散していたため、本センターは各キャンパスの保健室と連携し、業務を行っていました。
昭和56年の柳戸キャンパス新設時に、保健室も新しく開設されましたが、全キャンパス統合計画により、昭和58年から保健管理センターの機能も柳戸キャンパスに統合すべく準備を行い、昭和58年に現在の場所（大学会館1階）に移転しました。平成16年4月、医学部と附属病院の移転が完了し、ついに本学は1つのキャンパスに統合され、本センターが全学部・研究科の健康管理を効率的に行うことができるようになりました。
平成16年には職員の健康管理体制も大きく変化しました。国立大学法人化にともない、本学も人事院規則から一事業所として労働安全衛生法が適用されるに至り、本法律に則った健康管理体制を構築することになったためです。同時に、文部科学省職員共済支部診療所も閉鎖となりました。本センターは、労務管理担当部門と連携し、職員の健康管理、疾病予防、復職支援などの産業医活動を担うこととなり、平成22年に専任の産業医と産業保健師が配置されました。
一方、平成19年には、生涯健康教育に取り組んだプロジェクトが文部科学省の「新たな社会的ニーズに対応した学生支援プログラム」（学生支援GP）に採択され、健康診断や健康教育の質向上、心のケアの充実を目指してきました。特に常勤カウンセラー（教員・臨床心理士）がはじめて配置されたことで、精神科医と臨床心理士が協働して学生の心理的ケアに当たる体制が充実しました。
保健管理センターの沿革
| 1969年5月 | 1970年度概算要求に保健管理センターの設置を要求 |
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| 1974年4月 | 文部省令第13号国立学校設置法施行規則の一部改正により、本学に保健管理センター設置 |
| 1974年10月 |
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| 1975年10月 | 保健管理センター学生相談室員の委嘱を開始（2018年度まで） |
| 1976年4月 | 保健管理センター年報（創刊号）を刊行（以後、毎年発刊） |
| 1981年10月 | 柳戸保健室（柳戸地区）が保健管理業務開始（1984年まで） |
| 1982年2月 | 「健康のしおり」（学生向け健康啓発冊子）発刊 |
| 1982年7月 | 「全国大学保健管理協会 東海・北陸地方部会研究集会」当番校主催 |
| 1983年10月 | 柳戸地区に従来の3カ所の保健室の保健管理業務を統合し、保健管理センターへ |
| 1984年1月 | 大学会館（保健管理センターを含む）竣工 |
| 1984年4月 | 保健管理センターが大学会館へ移転 |
| 1993年2月 | 全国大学メンタルヘルス研究会を本学が当番校として主催 |
| 1994年7月 | 「全国大学保健管理協会 東海・北陸地方部会研究集会」当番校主催 |
| 1996年6・12月 | 「全国大学保健管理協会 東海・北陸地方部会保看班東海地区研究会」当番校主催 |
| 1997年4月 | 健康診断書自動発行機設置 |
| 1998年4月 | 『これだけは知っておこう キャンパスライフの健康管理』が初刊され、新入生に配布した（岐阜県大学保健管理研究会の企画共同執筆による）（以後、『健康ナビーキャンパスライフの健康管理』（岐阜新聞社出版室刊）に発展） |
| 2002年6月 | 「全国大学保健管理協会 東海地区大学保健管理研究集会」当番校主催 |
| 2004年4月 | 国立大学法人化に伴い、労働安全衛生法による岐阜大学安全衛生管理体制が発足。保健管理センターへ柳戸地区産業医、衛生管理者の委嘱あり（以後、継続） |
| 2004年5月末日 | 文部科学省共済組合岐阜大学支部診療所廃止 |
| 2004年11月 | 学内の健康啓発活動のひとつとして、「保健管理センターニュース」を創刊 |
| 2004年12月 | 保健管理センターのホームページリニューアル |
| 2005年2月 |
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| 2005年4月 | 喫煙学生の禁煙支援としてニコチンパッチの無料提供を開始（以後、継続） |
| 2005年6月 | 岐阜大学禁煙宣言 |
| 2006年4月 | 「保健管理センターの憲章・基本戦略」を制定 |
| 2006年6月 | 岐阜大学敷地内全面禁煙達成 |
| 2006年9月 | 「東海・北陸地区メンタルヘルス研究協議会」当番校開催 |
| 2007年2月 | 保健管理センター改修工事。玄関・受付カウンター等を改修しバリアフリー化とセキュリティー強化を実現 |
| 2007年8月 | 「新たな社会的ニーズに対応した学生支援プログラム」（学生支援GP）に採択。プログラム名『生涯健康を目指した学生健康支援プログラム』。 |
| 2008年2月 | 「岐阜地区（保看班）研究会」当番校主催 |
| 2008年7月 | 「第46回全国大学保健管理協会東海・北陸地方部会研究集会」および「第35回保健管理担当職研究会」当番校主催 |
| 2008年11月 | 「保健管理担当職 東海地区研究会」当番校主催 |
| 2010年3月 | 「大学生の健康ナビ」発刊 |
| 2010年4月 |
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| 2010年10月 | 保健管理センター内の相談室をリニューアルオープン |
| 2012年10月 | 英国大学保健管理協会（SHA）のHarpreet Singh Arrshi会長、米国大学保健管理協会（ACHA）のJennifer Haubenreiser会長が保健管理センターを来訪視察 |
| 2013年11月 | 米国大学保健管理協会（ACHA）のDr. Anita L. Barkin前会長、英国大学保健管理協会（SHA）のDr. Irene Weinreb前会長が保健管理センターを来訪視察 |
| 2013年11月 | 「第51回全国大学保健管理研究集会」を本学が主催 |
| 2014年8月 | 協定大学のスブラス・マレット大学（インドネシア）の統括研究科長Yunus教授が保健管理センターを視察 |
| 2014年9月 | 「第57回東海学校保健学会総会」を本学が主催 |
| 2014年11月 | 「全国大学保健管理協会 東海・北陸地方部会 保健管理担当職東海地区研究会」当番校主催 |
| 2015年2月 | 定期健康診断時に全在学生を対象に岐阜県栄養士会協力のもと栄養アドバイスを実施（以後、毎年継続） |
| 2015年10月 | スキルアップグループセミナーをスタート |
| 2016年5月 | いこまいセミナー（前スキルアップグループセミナー）をスタート（2020年度まで） |
| 2016年10月 | 保健管理センター及び医学部が南フロリダ大学と部局間協定を締結 |
| 2021年3月 | 保健管理センター改修（相談室を追加整備） |
| 2021年4月 | 障害学生支援室の機能を保健管理センターに統合 |
| 2021年7月 | 「第60回全国大学保健管理協会東海・北陸地方部会研究集会」および「第49回保健管理担当職研究集会」当番校主催 |
| 2024年1月 | 岐阜大学が南フロリダ大学と大学間協定を締結（保健管理センター長がリエゾンを担う） |
| 2024年6月 | ウェルネスルームをオープン |
| 2024年9月 | 「全国大学保健管理協会 東海・北陸地方部会 保健管理担当職東海地区研究会」当番校主催 |
| 2024年10月 | ウェブサイトをリニューアル |
